Rana istorija Pearl Jam-a počinje sa grupom Mother Love Bone koju su formirali preostali članovi Green Rivera, Ament, Gossard i Fairweather sa pridošlim Andrew Woodom, glas i klavir, i Greg Gilmourom na bubnjevima. Mother Love Bone, formiran 1998. privukao je pažnju kritike, i uskoro, grupa je potpisala ugovor za Polygram.
EP "Shine" (1989) i LP "Apple" (1990), objavljeni su nakon smrti Andrew Wooda, prouzrokovane predoziranjem droge.
U čast Wood-a, Ament i Gossard, sa starim prijateljima Matt Cameronom i Chriss Cornellom (obojica iz Soundgardena), objavili su "Temple Of The Dog", ime pod kojim su i nastupali zajedno, s vremena na vreme. U pesmi "Hunger Strike", dodati su gostujući vokali Eddie Veddera. Album je zabeležio umereni uspeh.
Gossard i Ament su, zajedno sa gitaristom Mike McCreadyjem, koji im se pridružio, uradili demo snimak tri pesme. Kasetu sa ovim snimkom je Vedder, koji je tada živeo u San Diegu, dobio zahvaljujući bivšem bubnjaru Red Hot Chili Peppersa Jack Ironsu. Inspirisan onim što je čuo, Vedder je napisao stihove, snimio svoj vokal na kasetu ("Mamasan" trilogija), i poslao je Gossardu. Gossard i Ament impresionirani onim što su čuli, pozvali su Veddera u Seattle i sa Dave Krusenom na bubnjevima, grupa je konačno kompletirana. Uzeli su ime Mookie Blaylock, po srednjoškolskoj košarkaškoj zvezdi (kasnije i NBA). Ljudi iz njihove izdavačke kuće, Epic, nisu bili zadovoljni ovim imenom, zbog mogućih implikacija u budućnosti, i eventualne tužbe, tako da je grupa odlučila da promeni ime u Pearl Jam. Ipak, odali su poštu Mookieu nazvavši svoj debi album po broju koji je on nosio na dresu, "Ten" (1991).
"Ten" je doživeo veliki uspeh, i kod kritike, i komercijalno, prodavši se u 12000000 primeraka, samo u U. S., i postavio je Pearl Jam rame uz rame sa ostalim velikim bendovima iz Seattlea. Zajedno su predstavljali "Veliku četvorku grandža". Ostali bendovi su bili Soundgarden, Alice In Chains i Nirvana. Zajedno, oni su doneli nov jedinstveni i svež zvuk, i viziju generacije rodjene sredinom šezdesetih.
Fenomen Seattlea i grandža je široko razmatran početkom devedesetih, jer nikada ranije jedan grad nije, gotovo u isto vreme, dao četiri grupe takvog stvaralačkog i umetničkog značaja.
Prva tri albuma Pearl Jama su bila ogromni uspesi, i komercijalni i umetnički. "Ten" (1991), "Vs." (1993) i "Vitalogy" (1994) su, samo u U. S., prodati u preko 24000000 primeraka, a kritika nije imala drugih reči sem odobravanja i poštovanja.
Parnica protiv monopola Ticketmastera (koju je Pearl Jam na kraju izgubio), a koja je ugušila turneje nakon novih albuma za neko vreme, smanjenje interesa u muzičkoj industriji za "zvuk iz Seattlea" nakon smrti Curt Cobaina, i okretanje Pearl Jama ka manje komercijalnom i eksperimentalnom pravcu, pogotovo na "No Code" (1996), doveli su do manjih tiraža albuma "No Code" (1996), "Yield" (1998), "Binaural" (2000) i "Riot Act" (2002), iako su i sa njima bili na samom vrhu top listi, i albuma i singlova.
U tom periodu, Pearl Jam je ostao kao jedina grupa koja je nadživela grandž i njegovu ranu popularnost, još uvek donosivši beskompromisan zvuk i viziju na svakom izdanju.
Nakon izdavanja "Binarual", i turneja po Evropi i Severnoj Americi, objavili su live albume sa svakog koncerta na turneji, kao prva grupa koja je to uradila. Izdali su 72 albuma, većinu na dva CD-a, i postavili rekord po najvećem broju albuma koji su se pojavili na Billboard top 200 listi. Sledeća 72 albuma su objavljena sa turneje 2003., većina njih dostupna samo preko on-line kupovine, ili putem downloada.
Bend je, juna 2003., objavio da napušta Epic Records, za koje su snimali dvanaest godina. Ovo je opisano kao "...jedna institucija napušta drugu...najpopularniji i najvažniji Američki rok bend devedesetih, dobrovoljno odbacuje nasledje najveće etikete...". Iz grupe su izjavili da ne nameravaju da potpišu ugovor sa nekom drugom izdavačkom kućom, u to vreme, i da su veoma uzbudjeni zbog svoje slobode.
Ukoliko se ovaj potez Pearl Jama pokaže uspešnim, to bi mogla biti tačka preokreta muzičke industrije, kakvu poznajemo danas.
Od tada, Epic je objavio "Lost Dogs" (2003), kompilaciju B strana i ranije nerealizovanih snimaka, "Live at Benaroya Hall" (2004) i "Rearviewmirror: Greatest Hits 1991-2003" (2004), neku vrstu ultimativne kolekcije pesama Pearl Jama.